La Cripta dei Papi è sicuramente il luogo più importante. Definito anche “il piccolo Vaticano”, questo luogo conserva i resti di almeno cinque Papi martirizzati e poi santificati.
Cripta di S. Cecilia
La Santa era sepolta dove ora si trova la sua stupenda statua, capolavoro di Stefano Maderno. Nell’821 le reliquie di Santa Cecilia furono trasportate in Trastevere nella basilica a lei dedicata.
La cripta era interamente decorata con affreschi e mosaici.
Cubicoli dei Sacramenti”: si tratta di tombe di famiglia, all’interno delle quali si trovano importanti affreschi, databili inizio del III secolo. In queste suggestive pitture sono rappresentati simbolicamente i sacramenti del Battesimo e dell’Eucarestia. In un affresco, inoltre, è raffigurato anche il profeta Giona, simbolo di resurrezione.